Med Uni Graz - Hochdurchsatz-Sequenziergerät samt zugehöriger IT für das Labor für BioMedizin am D&F Institut für Molekulare BioMedizin

Art KD_8_1_Z4 Kerndaten für die freiwillige Bekanntmachung eines Vergabeverfahrens ohne vorherige Bekanntmachung
Bezeichnung Med Uni Graz - Hochdurchsatz-Sequenziergerät samt zugehöriger IT für das Labor für BioMedizin am D&F Institut für Molekulare BioMedizin
Kategorie (CPV Hauptteil) 38000000 Laborgeräte, optische Geräte und Präzisionsgeräte (außer Gläser)
NUTS AT221 Graz
Auftraggeber
  • Medizinische Universität Graz 
    +43 14097609
    kanzlei@schramm-oehler.at
    Schramm Öhler Rechtsanwälte, Bartensteingasse 2, 1010 Wien
    Geschäftszahl: 2021/0249
Lieferant Illumina Netherlands BV
Verfahrensart
Art des Auftrags Lieferauftrag
Beschreibung Das Institut für Humangenetik der Medizinischen Universität Graz plant die Beschaffung eines Hochdurchsatz-Sequenziergeräts samt zugehöriger IT zuzüglich Wartung und Service in Ergänzung zu den bereits bestehenden Sequenziergeräten. Es handelt sich um ein Hochdurchsatz-Sequenziergerät für Testungen mittels neuer Sequenziertechnologien, die unter dem Begriff „Next Generation Sequencing (NGS)“ zusammengefasst werden.
Beschreibung der maßgeblichen Gründe Die Auftraggeberin führt ein Verhandlungsverfahren ohne vorherige Bekanntmachung mit einem Unternehmen gem. § 36 Abs 1 Z 3 lit a BVergG durch, da aus technischen Gründen die Lieferung nur von einem bestimmten Unternehmer erbracht werden kann.<br />Es wird ein Hochdurchsatz-Sequenziergerät samt zugehöriger IT zuzüglich Wartung und Service beschafft, welches insbesondere die folgenden benötigten Eigenschaften aufweist:<br />(1) Geräteleistung: Das Gerät muss vier Durchflusszellenformate (Flowcell), mehrere Reagenzienkonfigurationen, eine Datenausgabe von 80 – 6.000 Gb pro Lauf je nach Flowcelltyp, Anzahl von Flowcells und Read-Längen-Optionen in einem einzigen Durchgang ermöglichen und Flexibilität für ein breites Anwendungsspektrum bieten. Das Illumina NovaSeq 600 System ist das einzige in Europa erhältliche NGS-System, das Genome mit 30x Abdeckung mit hohem Durchsatz sequenzieren kann. Wird diese Anforderung nicht erfüllt, würde das bei Versendung an externe Zentren zu erheblichen Verzögerungen in der Diagnostik für Patient*innen führen. Angestrebte Forschungsfragen würden nicht vor Ort bearbeitet werden können.<br />(2) Workflow: Das Gerät muss aufgrund eines einfachen Workflows, kurzen Laufzeiten sowie gleichzeitigem Betreiben von ein oder zwei Flowcells eine schnelle Sequenzierung (max. Laufzeit<br />(3) Laufkonfigurationen: Das Gerät muss durch Flexibilität von Laufkonfigurationen ermöglichen, unterschiedliche Flowcells mit unterschiedlichen Sequenzierkapazitäten und Readlängen zu starten. Dringende Fälle (z.B. pränatale Anforderungen) müssen umgehend sequenziert werden können, ohne auf genügend Proben warten zu müssen, um eine high Output Flowcell zu füllen.<br />(4) Kompatibilität mit bereits am Standort vorhandenen Geräten: Das System muss mit bereits vorhandenen NGS-Systemen kompatibel sein, um im Notfall ein kreuzkompatibles Backup-System zur Verfügung zu haben. Bei einem Havariefall könnten vorgefertigte Libraries nicht an den vorhandenen Geräten sequenziert werden, was nach Versendung an externe Zentren zu erheblichen Verzögerungen in der Diagnostik führen würde.<br />(5) Sequenzierungsmethoden: Das Gerät muss neben der Genomsequenzierung die Durchführung weiterer Sequenzierapplikationen ermöglichen (z.B. Methylierungsanalysen in der Krebsforschung). Für viele dieser Anwendungen gibt es derzeit nur am NovaSeq etablierte Protokolle. Ein alternatives Gerät würde dazu führen, den Anschluss im hochkompetitiven Krebsforschungsfeld zu verlieren.<br />(6) Sequenzierungschemie: Das Gerät muss die Möglichkeit bieten, die Sequenzierungsdaten mit der SBS-Chemie von Illumina zu generieren. Hohe Datenqualität mit > 85 % der Basen mit Qualitäts-Scores ≥ 30 bei einer Read-Länge von 2 × 150 bp. Eine Nichterfüllung könnte schlimmstenfalls zum Verlust der Akkreditierung oder zu falsch positiven / negativen Befunden führen. Zudem ist auch die Paired-End-Funktion zur Fragmentgrößenbestimmung bei Liquid Biopsy Untersuchungen bzw. zur Identifikation von chromosomalen Rearrangements unabdingbar.<br />(7) Integrierte Amplifikation: Die (im Gerät) integrierte Clusterbildung muss die automatisierte klonale Amplifikation von Milliarden von Einzelmolekül-DNA-Matrizen und das Laden einzelner Fließzellen-Lanes, ohne zusätzliche Geräte, ermöglichen. Vorbereitete Libraries müssen direkt auf das System geladen werden können. Neben einem Multilasersystem sowie hochdurchsatzfähigen Zeilenkameras, muss das Gerät ein Integriertes Rechnersystem aus zwei Computern, einem Windows-basierten Einplatinencomputer (Single Board Computer, SBC) und einer Linux-basierten Rechen-Engine (Compute Engine, CE) für die Echtzeitanalyse (Real-Time Analysis, RTA) beinhalten. Eine Nichterfüllung erhöht die Gefahr für Probenverwechslungen / Falschbefunde, was zu unnötigen bzw. dem Ausbleiben von Behandlungen führen kann.
Tag der erstmaligen Verfügbarkeit 04.09.2021
Letzte Änderung der Ausschreibung 04.09.2021
Version 1, XML, zuletzt aktualisiert: 04.09.2021