Die Prüfbehörde ist für die Durchführung von Systemprüfungen zuständig. Dies umfasst die Überprüfung des ordnungsgemäßen Funktionierens des Verwaltungs- und Kontrollsystems (VKS). Geprüft wird, ob die Verwaltungsbehörde (VB) ein angemessenes VKS eingerichtet hat, welches den Vorgaben der Europäischen Kommission entspricht. Bei der zwischengeschalteten Stelle (ZWIST) wird überprüft, ob die Vorgaben der VB eingehalten werden und die Umsetzung der Beschreibung im VKS entspricht. Die von der VB und den ZWIST erstellten Handbücher und Leitfäden sind auf Konformität mit den Vorgaben der VB zu überprüfen.