Die Prüfbehörde ist für die Durchführung von Vorhabenprüfungen zuständig. Die Leistung umfasst die Überprüfung des ordnungsgemäßen Funktionierens des Verwaltungs- und Kontrollsystems und die Kontrolle der Recht- und Ordnungsmäßigkeit der bei der Kommission geltend gemachten Ausgaben. Der aktuelle Förderzeitraum läuft von 2021 bis 2027. In dieser Zeit stehen in Österreich 1.064.614.614,00 Euro für Arbeitsmarkt- und Qualifizierungsprojekte zur Verfügung. Die Prüfungen werden auf Basis einer Stichprobe durchgeführt, welche jährlich mind. 30 Vorhaben umfasst.